Chobits è ambientato in una terra "parallela", in cui l'anno è il 2002, ma le conoscenza tecnologiche sono più avanzate della nostre. La prioncipale differenza tra la nostra società e quella di chobits è la creazione dei Persocon, computer dall'aspetto umano in grado di effettuare ogni tipo di compito e di reagire realisticamente in base al software installato; non sono comunque in grado di provare sentimenti, né di decidere in modo totalmente autonomo, avanedo sempre bisogno di appoggiarsi ad un sistema operativo. Questo sta però lentamente cambiando la società, perché i persocom sono gentili, servizievoli ed estremamente devoti, e la gente comincia a preferire la loro presenza a quella delle altre persone. Purtroppo però i persocom sono solamente delle macchine, i loro sentimenti sono soltanto simulati dal software e i loro ricordi sono semplici dati immagazzinati nel loro hard disk.

Da qualche tempo però in Internet circola la voce dell'esistenza dei mitici Chobits, persocom con una potenza di calcolo enorme, in grado di imparare senza aver bisogno di software aggiunto e di sistema operativo e capaci di provare veri sentimenti. Ma forse questa voce è soltanto una leggenda metropolitana...
Hideki Motosuwa è uno studente "ripetente" (in giapponese "ronin", a ricordare gli antichi samurai vagabondi e senza padrone) che sta tentando di entrare con scarso successo all'università. Un giorno trova casualmente una persocom che sembra gettata fra i rifiuti; visto il suo desiderio (fino a quel momento irrealizzabile per l'elevato costo) di possederne una, decide di portarla a casa sua ed accenderla.

La persocom non sembra saper parlare né avere un sistema operativo installato. L'unico suono che riesce ad emettere è "chii", così Hideki decide di chiamarla in questo modo. Hideki continua la sua vita, lavorando, studiando e cercando di insegnare sempre cose nuove alla sua nuova persocom, che però sembra avere un passato misterioso alle spalle: vi sono infatti numerose persone che la cercano e una seconda Chii, identica a lei, che sembra comparire nei momenti in cui la personcon è in pericolo.

In seguito iniziano ad emergere indizi che Chii sia un "Chobits", un particolare tipo di PC artigianale estremamente elaborato; peculiarità del "Chobits", si mormora nelle reti informatiche, sarebbe la capacità di provare emozioni come gli esseri umani. Da questo momento la trama si fa maggiormente introspettiva, cercando di entrare nei meandri dei sentimenti umani e di affrontare il tema dell'amore fra l'uomo e gli androidi.

Pian piano, grazie a questi indizi, Hideki scopre di più del passato di Chii, scoprendo anche che è stata creata dal marito dell'amministratrice del condominio in cui abita. La seconda Chii, si scopre che si chiami Freya, ed era la sorella maggiore di Chii, il cui cuore era stato passato nel corpo di Chii dalla stessa, per farle smettere di soffrire, e di non fare mai andare via il suo ricordo. Alla fine della serie Hideki si convince dell'amore che prova per Chii e si dichiara, facendo trovare a Chii "l'uomo solo per me".
onostante i momenti decisamente comici e alcune battute genere Ecchi , le tematiche affrontate da Chobits sono numerose e complesse. Il tema più frequente è l'analisi del rapporto tra umani e persocons. Sebbene la storia sottolinei il concetto dei persocon che vengono amati dalle persone, la lezione che il manga desidera trasmettere (essere amati per quello che siamo) può essere rappresentata in modi diversi.

"Watashi" o "Atashi" (Giapponese per "io" o "me"), è un personaggio disegnato da Chitose Hibiya che compare in una serie di libri illustrati per bambini. I libri vengono utilizzati da Chitose per alludere all'amore ricambiato per Chii e per mettere in luce proprio il rapporto tra umani e persocons; tra l'altro si basano sul concetto che, poiché i persocons sono programmati per eseguire i desideri degli uomini, ben presto questi ultimi finiranno per preferirli ai loro simili, causando seri problemi, come l'impossibilità di riprodursi.

Uno dei concetti che spesso ritorna in "Chobits" è la verginità di Chii, intesa come sua impossibilità ad avere rapporti sessuali, poiché equivarrebbe a resettarla completamente. Di conseguenza, Chii può affidare il suo corpo solo a qualcuno che la ami abbastanza da preferire al puro atto sessuale il conservare integralmente la personalità del persocon stesso. Questa "abilità", se così può essere chiamata, si suppone sia stata attribuita a Chii da suo padre solo dopo la morte di Freya. L'intento del suo creatore, infatti, era di far sì che ogni persocon da lui creato trovasse la felicità, e l'unico modo che Chii ha per essere felice e sviluppare la sua personalità è quello di trovare qualcuno che la ami di un amore puro, non finalizzato al sesso.

La tematica fondamentale è certamente l'amore. Ritorna molto spesso l'immagine di due anime che si cercano per completarsi a vicenda, e il concetto dell'"uomo solo per me", utilizzato sia da Atashi nella storia illustrata, sia da Chii per quanto riguarda Hideki, sia da Freya nei confronti di suo padre. L'amore è visto come qualcosa di assolutamente indispensabile: Freya infatti, non potendo godere dell'amore di suo padre, finisce lentamente per spegnersi. È l'amore che funge da collegamento fra tre dei personaggi principali, proprio Chii, Freya e Atashi.

Tsukune Aono è un normale studente di scuola superiore, che non è stato in grado di entrare in una scuola privata a causa dei suoi voti scadenti. L'unica scuola che finalmente lo accetta in realtà si rivela essere una scuola segreta per mostri soprannaturali e creature mitiche (yōkai), incarnati in esseri umani. Quando Tsukune viene ammesso nella scuola yōkai per errore, lui che ha ormai scoperto la vera natura di quel luogo, teme per la sua vita.

Comunque il ragazzo fa rapidamente amicizia con la bella Moka Akashiya, che si rivela essere un vampiro, attratta dal dolce gusto del sangue. Mentre in un primo momento Moka rimane sconvolta nello scoprire che Tsukune è un normale essere umano, si rende in seguito conto che lui è il primo vero amico che abbia mai avuto.

Nonostante la natura di vampira, Moka è una ragazza gentile e Tsukune si innamora subito di lei così come Moka di lui. Tsukune decide quindi di rimanere vicino a lei, nonostante il pericolo. Per fare questo è costretto a nascondere la sua natura umana alla scuola e agli altri studenti per evitare conflitti con i vari mostri presenti nel campus. Tsukune scopre presto che quando toglie il "rosario" dal collo di Moka, lei si trasforma in un super-vampiro, più forte e più potente rispetto a qualsiasi altra creatura della scuola. Tuttavia, in questo stato, ha un carattere completamente diverso, diventa fredda e spietata, quindi Tsukune, che è l'unico a poter fare la cosa, ricorre a questo accorgimento solo in casi di estrema emergenza.

L'anno scolastico continua, e Tsukune viene pian piano accolto dagli altri studenti che, inizialmente ostili, alla fine diventano suoi grandi amici: Kurumu Kurono, succube, Yukari Sendo, strega e studentessa più intelligente dell'Accademia, Ginei Morioka, studente del secondo anno, presidente del Club del Giornale della scuola, e lupo mannaro e infine Mizore Shirayuki, yuki-onna (letteramente donna delle nevi).

Col passare del tempo, si scopriranno nella scuola pericolose organizzazioni, come Antitesi e Fairy Tale, quindi occorrerà combattere per cercare di mantenere la scuola e il mondo umano sicuri.

Nel frattempo Tsukune inizia a subire delle trasformazioni per consolidare il suo ruolo di collegamento tra il mondo umano e mondo yōkai.

La serie di Chrono Crusade è ambientata nei cosiddetti "anni ruggenti": sono gli anni del jazz, dell'alcol che scorre liberamente, della mafia che controlla le strade. È rappresentato come un tempo di prosperità, di lussuria e decadenza, e la divisione tra ricchi e poveri cresce ancora di più che alla vigilia della Prima guerra mondiale. Ma è in questi tempi di grandi cambiamenti e sconvolgimenti che l'oscurità dell'animo umano può venire alla superficie. Nel mondo di Chrono Crusade, un'organizzazione fittizia conosciuta con il nome di Ordine di Maddalena (o più specificatamente, i personaggi di Rosette Christopher e Chrono) ha il compito di combattere le minacce dei demoni che appaiono sempre più spesso in America. Durante il corso della storia veniamo a conoscenza dell'oscuro passato di Rosette e Chrono, che sono alla ricerca del fratello scomparso di Rosette, Joshua. Quest'ultimo è stato portato via dal peccatore Aion, un demone che condivide con Chrono una oscura e sanguinosa storia, e che vuole rovesciare il Paradiso e la Terra.

I Diclonius sono esseri mutanti, con due strane corna sul capo e dotati di fortissimi arti invisibili chiamati "vettori". Essendo pericolosi per la normale razza umana, i bambini Diclonius vengono uccisi alla nascita o rinchiusi in laboratori di ricerca, sottoposti a terribili torture e ad esperimenti estremamente violenti. Una di loro, Lucy, riesce però a fuggire verso il mare, massacrando qualunque persona le si pari innanzi. Viene ritrovata sulla spiaggia da due ragazzi in un completo stato di amnesia e personalità doppia, causati da un colpo sparatole in testa durante la fuga. La giovane Diclonius si ritrova con una personalità completamente diversa e i due ragazzi decidono di chiamarla con la sola parola che riesce a pronunciare, ovvero "Nyu". Non potendola lasciare sola in quelle condizioni, la portano a casa in attesa di scoprire qualcosa sul suo passato. Ma i militari non si arrendono e rimangono sulle sue tracce. Per di più ogni volta che la ragazza sbatte la testa ritorna ad essere Lucy. Un giorno di malattia Lucy/Nyu ricorda il suo passato nell'orfanotrofio e la prima volta in cui uccise. Inoltre ricordò anche che il suo primo amico fu proprio il ragazzo che la salvò sulla spiaggia. Il ragazzo non si poteva ricordare di lei poiché da piccolo furono uccisi sua sorella e suo padre e lui dimenticò tutto per lo shock. Alla fine anche lui ricorda e ricorda anche che fu proprio Lucy a ucciderli per gelosia. Inoltre Lucy non è l'unica della sua specie; al Centro di Ricerche rimangono numerosi Diclonius e alcuni di loro verranno incaricati di collaborare con i militari per abbattere la fuggitiva come Nana, diletta di uno dei più importanti ricercatori e Mariko, sua figlia vera. Ma alla fine tutti gli avvenimenti daranno luogo a uno scontro decisivo, che vedrà combattere Mariko contro Nana, Mariko contro Lucy e alla fine Lucy contro tutti i soldati.