La trama di Black Lagoon segue le avventure di un gruppo di mercenari, conosciuti come Lagoon Company, che per denaro non esita a sporcarsi le mani: specializzati nella consegna delle più disparate merci (compresi esseri umani) si trovano sempre a dover combattere con altri malviventi tra cui gang locali ed ex militari allo sbando. La loro base operativa è localizzata nell'immaginaria città di Roanapur in Thailandia, e effettuano i colpi con la loro barca.
La Lagoon Company è in affari con vari clienti, ma ha un rapporto particolare con l'Hotel Moscow, un'organizzazione legata alla mafia russa. Il gruppo viene coinvolto in varie missioni nelle quali, puntualmente, si svolgono violenti scontri a fuoco, combattimenti all'arma bianca e diverse battaglie navali.
I membri della Lagoon Company amano ristorarsi allo Yellow Flag, un bar di Roanapur gestito da Bao.
Gli avvenimenti narrati nella serie seguono inoltre il reclutamento nella squadra di Rock, un impiegato giapponese che viene usato inconsapevolmente dalla propria compagnia per loschi affari. Quando viene catturato come ostaggio sviluppa una forte empatia con i propri rapitori e sceglie di tagliare i ponti con la propria vita grigia e unirsi al gruppo di mercenari. Mentre gli altri membri bene o male apprezzano le sue qualità intellettive, il rapporto con Revy (l'unica donna della Lagoon Company) appare da subito burrascoso e rischia più di una volta di sfociare in una colluttazione mortale.